Soru:
Fgsea ve Broad Institute GSEA eşdeğeri midir?
llrs
2017-05-19 17:32:54 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Birkaç gen kümesi zenginleştirme yöntemi mevcuttur; en ünlü / popüler olanı Broad Institute aracıdır. Diğer birçok araç mevcuttur (Örneğin 82 farklı paketi listeleyen GSE'nin biocView 'a bakın). Dikkate alınması gereken birkaç parametre vardır:

  • genleri sıralamak için kullanılan istatistik
  • rekabetçi mi yoksa kendi kendine yeten mi,
  • ise denetimli olsun ya da olmasın,
  • ve zenginleştirme puanı nasıl hesaplanır.

fgsea - Fast Gene Set Zenginleştirme Analizi paketini kullanarak zenginleştirme puanlarını hesaplayın ve birisi bana sayıların, diğer tüm parametreler eşdeğer olmasına rağmen Broad Institute'tekilerden farklı olduğunu söyledi.

Bu iki yöntem (fgsea ve Broad Institute GSEA), zenginleştirme puanı?

Her iki makalenin algoritmalarına baktım ve oldukça benzer görünüyorlar, ancak gerçek veri kümelerinde eşdeğer olup olmadıklarını bilmiyorum.

Zenginleştirme puanı yönteminin sonucu nasıl etkilediğini inceleyen ve karşılaştıran herhangi bir makale var mı?

Iki yanıtlar:
#1
+7
burger
2017-05-21 01:24:45 UTC
view on stackexchange narkive permalink

FGSEA ön baskısına göre:

Varsayılan parametrelerle referans GSEA çalıştırdık. Permütasyon sayısı 1000'e ayarlandı, bu da her bir giriş gen seti için 1000 bağımsız örnek üretildiği anlamına geliyor. Çalışma 100 saniye sürdü ve GSEA'ya göre ayarlanmış FDR q-değeri 10−2'nin altında olan 79 gen setiyle sonuçlandı. Tüm önemli gen setleri pozitif moddaydı. İlk olarak, benzer bir nominal p değerleri doğruluğu elde etmek için 1000 permütasyon üzerinde FGSEA algoritmasını çalıştırdık. Bu 2 saniye sürdü, ancak birden fazla test düzeltmesinden sonra önemli isabetlerle sonuçlanmadı (FRD ≤% 1 ile).

Dolayısıyla, FGSEA ve GSEA aynı değil.

Ve yine sonuç olarak:

Sonuç olarak, gen kümeleri sonuçlarda daha kesin bir şekilde sıralanabilir ve daha da önemlisi, yaklaşık olanların yerine standart çoklu test düzeltme yöntemleri uygulanabilir. [GSEA].

Yazar, FGSEA'nın daha doğru olduğunu, dolayısıyla eşdeğer olamayacağını savunuyor.

Özellikle zenginleştirme puanıyla ilgileniyorsanız, ön baskı yorumlarında yazar tarafından ele alınmıştır:

Zenginleştirme puanları ve normalleştirilmiş zenginleştirme puanlarının değerleri hem geniş sürüm hem de fgsea için aynıdır.

Yani bu kısım aynı görünüyor.

Evet, ön baskı p değerlerinin nasıl farklı şekilde hesaplandığından çok bahsediyor, ancak zenginleştirme puanlarının aynı olup olmadığını soruyordum, p değerlerini hesaplamanın farklı yollarının farkındaydım. Cevabı yazarın kendisinden buluyorum
Afedersiniz. Özellikle zenginleştirme puanı hakkında soru sorduğunuzu fark etmemiştim. Bunu daha açık hale getirmek için soruyu düzenlemek isteyebilirsiniz.
#2
+4
llrs
2017-05-21 15:41:34 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Yazarın ön baskıdaki tartışmada yanıt verdiğini buldum,

Zenginleştirme puanının geniş gsea ile aynı şekilde hesaplandığını merak ediyorum

Zenginleştirme puanlarının ve normalleştirilmiş zenginleştirme puanlarının değerleri hem geniş sürüm hem de fgsea için aynıdır.



Bu Soru-Cevap, otomatik olarak İngilizce dilinden çevrilmiştir.Orijinal içerik, dağıtıldığı cc by-sa 3.0 lisansı için teşekkür ettiğimiz stackexchange'ta mevcuttur.
Loading...