Soru:
Tür içi ilişkilerden oluşan bir cladogram nasıl oluşturulur?
twmccart
2017-05-18 00:20:52 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Hizalamalar oluşturmak için kullandığım çeşitli pirinç türlerinden SNP verilerim var, ancak filogenetik ağaçların oluşturulması için kullanılan genel modellerin ve algoritmaların uygun olduğunu düşünmüyorum çünkü bu çeşitler türleşme olaylarının sonucu değil ve geçmişlerinde iç içe geçmişlerdir. Alakalılık derecelerini en iyi nasıl hesaplayabilir ve görselleştirebilirim?

Bir cladogram çizmek istediğinizde bir ağaç topolojisi varsayarsınız. Bu varsayıma göre, sadece tipik ağaç yapıcıları kullanabilirsiniz. Ana varsayımları ağaç benzeri bir ilişkidir.
üç yanıtlar:
#1
+4
nuin
2017-05-18 09:30:57 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Bu çeşitlerin gerçek evrimini maskeleyebilecek akrabalık ve diğer genetik olaylarla bile, herhangi bir filogenetik metodoloji ilişkileri doğru bir şekilde belirleyebilecektir.

Mevcut en basit yöntemlerden biri olan MEGA ile bir Komşu Birleştirme ağacı oluşturmayı deneyin. Bu size çeşitlerin ilişkilerini kontrol etmeniz için yeterli olacaktır.

#2
+1
Jonathan Moore
2019-08-21 19:58:38 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Erişimler iç içe geçmişse (ağaç benzeri bir soyoluşla çelişiyorsa), eklenmiş melezleme olaylarıyla ağaç benzeri bir filogeniyi tahmin etmeye çalışan Splitstree'yi deneyebilirsiniz.

#3
  0
Michael
2019-08-21 20:08:51 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Bekle, haklısın, ama ağaçlar burada çalışmıyor.

Bu, popülasyon genetiğinin alanı. Her lokus için alel frekansları üreteceksiniz. Alel frekansları Hardy-Weinberg dengesini, F istatistiklerini, Fst ve Fis'i gerçekleştirmek için kullanılacaktır

H-W, kaç popülasyonunuz olduğunu hesaplamak için Yapı API'sini kullanarak başlayın. Bu, sonraki iki analiz için hayati bir bilgidir:

  • Fis burada özellikle yararlıdır çünkü bu, soy içi çiftleşme ortak etkinliğidir, 1 ne kadar yakınsa, veriler o kadar çok akrabalı yetiştirilir .

  • Fst mesafeleri bir ağaç oluşturmak için kullanılabilir, ancak bu bir nokta mutasyonları modeli değil, popülasyonlar arası bir göç modeli. Mesafe matrisini MEGA'ya girebilir ve ondan bir ağaç yapabilirsiniz, Fstat API (sanırım) bunu sizin için yapacaktır.

Pop gen'in kafanıza takılması zor ilk başta etrafta, ancak buna alışacaksınız.



Bu Soru-Cevap, otomatik olarak İngilizce dilinden çevrilmiştir.Orijinal içerik, dağıtıldığı cc by-sa 3.0 lisansı için teşekkür ettiğimiz stackexchange'ta mevcuttur.
Loading...