Soru:
Phyre2 vs ITasser, tamamen farklı modeller oluşturuldu
Te-Yo
2017-05-19 23:59:49 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Phyre ve ITasser çevrimiçi araçlarıyla pdb yapıları oluşturma deneyimi olan var mı? Aynı amino asit dizisi girişi verilen her birinden elde edilen sonuçlar çok farklı ve bunun olağan bir deneyim olup olmadığını merak ediyorum. ITasser'ın CASP parkurlarında 1 numara olduğunu biliyorum, ancak sonuçlar gerçekten bu kadar farklı mı olmalı?

Güvenilirliği değerlendirmek ve en iyisini seçmek için modellerinizi her zaman bir model kalite değerlendirme programından geçirmelisiniz.
Iki yanıtlar:
#1
+5
Rosalind Was Robbed
2017-05-20 09:11:29 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Phyre'ye daha az aşinayım, ancak I-TASSER, çok sayıda iş parçacığı kullanarak bir aramanın sonuçlarını alan ve bunları pek çok örnekleyerek modellerin enerjisini en aza indirmeye çalışan bir başlangıç ​​simülasyonuna yerleştiren gerçekten karmaşık bir sistemdir Phyre'nin yaptığını sanmadığım olası 3B konformasyonlar.

https://en.wikipedia.org/wiki/I-TASSER#/media/File:I-TASSER-pipeline. jpg

Phyre için benzer bir iş akışı şemasıyla karşılaştırın:

http://www.nature.com/nprot/journal/v10/n6/images /nprot.2015.053-F1.jpg http://www.nature.com/nprot/journal/v10/n6/fig_tab/nprot.2015.053_F2.html

Yapı tahmininin hala uzun bir yolu var ve PDB'de yakın homologlar varsa her zaman daha iyi sonuçlar alırsınız, ancak CASP'de I-TASSER'ın tutarlı yüksek performansı göz önüne alındığında, bu sonuçları daha önemli olarak değerlendiririm . Bununla birlikte, birden fazla yanıtı dikkate almaktan zarar gelmez.

Düzenleme: Blmoore'un Phyre protokol şemasının ikinci yarısına bağlantısı dahil

Phyre2 iş akışının yalnızca ilk yarısına bağlanıyorsunuz: http://www.nature.com/nprot/journal/v10/n6/fig_tab/nprot.2015.053_F2.html
#2
+1
Joe Healey
2019-04-04 13:13:28 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Bu sorunun tam cevabı olmayabilir, ancak Phyre ile ITasser arasındaki temel farklardan biri (söylemekte haklı olduğumu düşünüyorum), Phyre'nin modelin yalnızca yeterince iyi modellenmiş olduğunu düşündüğü bölgeleri döndürmesidir. bu nedenle tam uzunlukta bir model olmayabilir. Öte yandan, ITasser her zaman tam boyutlu modeller üretir.

Diğer yanıtlardan birinin ima ettiği gibi, ilgilendiğiniz proteine ​​çok bağlıdır. Veritabanlarında iyi temsil edilmezse, ilk iş parçacığı oluşturma aşamaları iyi modeller vermez ve sonuç olarak sonraki adımların tümü zarar görür.



Bu Soru-Cevap, otomatik olarak İngilizce dilinden çevrilmiştir.Orijinal içerik, dağıtıldığı cc by-sa 3.0 lisansı için teşekkür ettiğimiz stackexchange'ta mevcuttur.
Loading...