Soru:
Herkese açık herhangi bir çoklu omik veri kümesi var mı?
rraadd88
2017-05-30 17:29:00 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Genomik, transkriptomik ve proteomik (ör. snyderome) içerebilen çoklu omikli bir veri kümesi arıyorum. Giriş niteliğinde bir veri keşfi amacıyla böyle bir veri kümesine ihtiyacım var. Yani herhangi bir konakçı organizmadan ve herhangi bir deneysel yöntemden / koşuldan olabilir.

Bulabileceğim herhangi bir veritabanı / depo var mı?

Gerçekten 3'üne de ihtiyacınız var mı yoksa bunlardan 2'si işe yarayacak mı? "Genomik" için, histon işaretleri mi (veya metilasyon) yoksa sadece DNAseq mi (örneğin, varyant arama için) mi istiyorsunuz?
genomik (DNAseq) gerekli olacaktır. istirahat herhangi bir katman (en az iki) işe yarayacaktır.
Lütfen sorunuzu [düzenleyin] ve neye ihtiyacınız olduğunu açıklayın. Her şeyin aynı hücreden mi yoksa bireyden mi olması gerekiyor? İfade edilen protein setini, kopyalanmış RNA'yı ve ilgili genom dizisini mi arıyorsunuz? Ya da belki belirli bir duruma sahip olanlar? Paralel genomik nedir?
Soruyu yeniden ifade etmek için bir öneride bulunmak istedim, ancak görünüşe göre düzenlemeyi yaptım. Şimdi ne istediğini söylemezse, geri değiştirmekten çekinmeyin ...
üç yanıtlar:
#1
+10
rraadd88
2017-05-30 17:53:40 UTC
view on stackexchange narkive permalink

OmicsDI adında, çoklu omik veri kümelerini arayabileceğiniz bir veritabanı var.

İlgili yayının bir bağlantısını burada bulabilirsiniz (Perez -Riverol, Yasset, et al. "Omics Discovery Index-Discovering and Linking Public Omics Datasets." BioRxiv (2016): 049205.) daha fazla ayrıntı için.

#2
+3
user2368936
2017-06-04 04:06:43 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Aramanız gerekmesine rağmen GEO'da kullanılabilen birkaç veri kümesi vardır. Örneğin, hem Illumina metilasyonuna hem de gen ekspresyonu mikroarray profiline sahip üç veri kümesi aşağıda verilmiştir:

#3
+2
Johannes Griss
2017-06-03 16:31:04 UTC
view on stackexchange narkive permalink

OmicsDI'nın yanında EBI, çoklu omik veri kümeleri için özel bir havuza sahiptir: https://www.ebi.ac.uk/biosamples

Farklı veri kümelerini birbirine bağlar depolar arasında, yani. MS / MS tabanlı veriler için PRIDE ve RNASeq verileri için ArrayExpress.



Bu Soru-Cevap, otomatik olarak İngilizce dilinden çevrilmiştir.Orijinal içerik, dağıtıldığı cc by-sa 3.0 lisansı için teşekkür ettiğimiz stackexchange'ta mevcuttur.
Loading...