Soru:
İki genom açıklama versiyonu arasında örtüşen genler nasıl hesaplanır
holmrenser
2017-05-17 16:51:45 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Farklı açıklama ardışık düzenleriyle oluşturulmuş aynı genomun iki ek açıklamasına sahibim. Örtüşen gen modellerini belirlemek istiyorum.

Bu genomun önemli bir özelliği birçok "gen içinde genin", yani başka bir genmodelin intronundaki bir gen modelinin olmasıdır . Bu nedenle, kodlama dizisi ekson açıklamaları üst üste geldiğinde iki gen modelini örtüşen olarak saymak istiyorum.

bedtools kesişir gibi bir şey kullanarak gen düzeyindeki ek açıklamalar arasındaki örtüşmeyi hesaplamak kolaydır. .

Bununla birlikte: Genleri, yalnızca kodlama dizisi eksonları (CDS özellikleri) örtüştüğünde örtüşecek şekilde nasıl seçeceğimi bilmiyorum.

Neden CDS bölgelerinizin koordinatlarını bed / gff dosyalarınızdan alıp, yatak araçları kesişiyor mu?
Bu hala beni yalnızca örtüşen CDS özellikleriyle bırakacaktı. Sonunda _genes'i bilmek istiyorum. Neden yorumunuzu bir cevaba yazmıyorsunuz?
Bir cevap:
#1
+6
Gus
2017-05-17 19:56:36 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Kısa Yanıt: Bence yaklaşımım, CDS eksonlarını çıkarmak ve bunlara yatak takımları sürmek olacaktır.

Daha Fazla Ayrıntı: Eksonları çıkardığınızda, önceden atanmamışsa tüm kimlikleri atadığınızdan ve hangi kimlikleri "ait" olarak kaydettiğinizden emin olun. hangi genlere. Artık üst üste binen eksonlar elde ettiğinizde, kodladıklarını bilirsiniz ve onları hangi genlerden geldiklerine geri bağlayabilirsiniz.



Bu Soru-Cevap, otomatik olarak İngilizce dilinden çevrilmiştir.Orijinal içerik, dağıtıldığı cc by-sa 3.0 lisansı için teşekkür ettiğimiz stackexchange'ta mevcuttur.
Loading...