Soru:
Oxford Nanopore okumalarını simüle etmek için araçlar
Daniel Standage
2017-05-22 23:19:53 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Oxford Nanopore okumalarını simüle etmek için herhangi bir ücretsiz açık kaynak yazılım aracı var mı?

Verileri ne için simüle etmeyi planlıyorsunuz? Bana göre, halka açık gerçek veri setlerinin zenginliği göz önüne alındığında, çok özel kullanım durumları dışında simülasyona çok az ihtiyaç vardır.
Bir aracın veya araç setinin yapıyı doğru bir şekilde tanımlayıp tanımlayamayacağını değerlendirmek için bir varyantı veya başka bir tür genomik yapıyı simüle etmek genellikle yararlıdır. Bunu, kesin yanıtı bildiğiniz simüle edilmiş verilerde yapmak çok daha kolaydır ve simüle edilen veriler gerçek verilerin mükemmel bir yansıması olmasa bile son derece değerlidir.
Dört yanıtlar:
#1
+8
Leo Martins
2017-05-23 01:43:59 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Şans eseri, daha bugün bir nanogözenek okuma simülatörü NanoSim 'i duydum. GPL lisansı altında yayınlandı. Yine de hiç kullanmadım ...

#2
+8
Karel Brinda
2017-05-30 00:09:22 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Oxford Nanopore için özel olarak tasarlanmış simülatörler:

Genel uzun okuma simülatörleri:

Kapsamlı bir liste için mevcut okuma simülatörleri, tezimin 15. sayfasına bakın, Yeni Nesil Dizileme verilerini haritalamak ve sınıflandırmak için yeni hesaplama teknikleri .

#3
+6
burger
2017-05-23 04:05:06 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Daha önce bahsedilen NanoSim 'e ek olarak, SiLiCO ve ReadSim de var (2 yıldan uzun süredir güncellenmemiş olsa da , bu nedenle teknolojinin ne kadar hızlı ilerlediğini düşünürsek bu noktada ne kadar alakalı olduğundan emin değilim.

#4
+2
gringer
2017-05-24 08:36:04 UTC
view on stackexchange narkive permalink

En iyi nano-gözenek okuma simülatörleri, en iyi baz arayanlarla ilişkilendirilebilir. Bir baz arayanın DNA zincirini etkili bir şekilde modellemesi için, ilişkili sinyal gürültüsü (hem zaman boyutunda hem de genlik boyutunda) ile birlikte beklenen temel elektrik modelini hesaba katması gerekir. Teoride, algoritmayı tersine çevirmek ve altta yatan bir sıra verilen bir elektrik sinyali üretmek mümkün olmalı.

Ne yazık ki, elektrik seviyesinde nano-gözenek okumalarını simüle etmeye çalışan herhangi bir araçtan haberdar değilim. Yalnızca temel sıraya odaklanan herhangi bir "nanogözenek okuma simülatörünün", var olan tüm olası temel arama yazılım modellerini kapsaması gerekir ki bu imkansız bir görevdir (özellikle ONT'nin kendi baz arayanlarını ne kadar hızlı güncellediği düşünüldüğünde).



Bu Soru-Cevap, otomatik olarak İngilizce dilinden çevrilmiştir.Orijinal içerik, dağıtıldığı cc by-sa 3.0 lisansı için teşekkür ettiğimiz stackexchange'ta mevcuttur.
Loading...