Soru:
KEGG veya Reactome kullanmanın avantajları ve dezavantajları nelerdir?
llrs
2017-05-24 12:35:31 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Zenginleştirme analizi olarak olağan bir adım, bir genler listesinde zenginleştirilmiş yolları çıkarmaktır. Ancak hangi veritabanının daha iyi olduğu hakkında bir tartışma bulamıyorum. En popüler olanlardan ikisi (benim özel ortamımda) Reactome ve KEGG'dir (Belki de Bioconductor'da bunları kullanan araçlar olduğu için). KEGG, ftp erişimi için bir abonelik gerektirir ve araştırmam için çok miktarda KGML dosyası indirmem gerekir. şimdi Reactome'a ​​doğru eğiliyorum

Yollarla ilişkili daha fazla geni olan hangisi? Hangisi daha tam açıklamalı, bunları karşılaştıran herhangi bir kağıt var mı?

Bunu "hangisi daha iyi" yerine "avantajlar ve dezavantajlar nelerdir" şeklinde yeniden ifade edebilir misiniz? SE, QA formatı için ikincisini sevmiyor, ancak ilkinin iyi olduğunu düşünüyorum.
Yapıldı @MichaelSchubert bunu kendiniz değiştirebilirsiniz. Ama genel olarak daha iyisi yayınlanmazsa (X ve Y için daha iyidir)
Bu BioStars gönderisi, birkaç yaşında olmasına rağmen yararlı olabilir https://www.biostars.org/p/3432/
Teşekkürler @Chris ama bu soru 6,5 yaşında ve o dönemde işler değişti (KEGG'ye ftp erişim ücreti dahil).
@Llopis evet, siz yanıt vermeden hemen önce bu ayrıntıda düzenleme yaptım. Bunun sorunuzu gereksiz kıldığını söylemiyorum, sadece muhtemelen yararlı bir bağlantıya işaret ediyor
Yol verilerini indirmek için http://www.pathwaycommons.org/ adresine bakmalısınız. Belki sadece birini seçmek yerine ikisini (veya daha fazlasını) seçebilirsin.
@woemier Evet, aslında hem Reactome hem de Kegg kullanıyorum, ancak sorun, isme bakılmaksızın bir veritabanının yollarının diğeriyle eşdeğer olup olmadığını karşılaştırmaktır.
üç yanıtlar:
#1
+4
Kamil S Jaron
2017-05-25 03:59:55 UTC
view on stackexchange narkive permalink

KEGG'nin büyük bir dezavantajı, lisanslama sorunudur. Reacome'un en büyük avantajlarından biri, diğer veritabanları ve verilere çeşitli çapraz bağlantılar oluşturmasıdır.

ad 1, Bu, hangi yola bağlıdır, her ikisi de birincil veritabanlarıdır. Bazen, örneğin birincil veritabanlarının verilerini birleştiren diğer veritabanları, yolların daha iyi ek açıklamalarına sahiptir (aşağıdaki inceleme belgesinde bir örnek vardır)

ad 3, Çok kapsamlı, nispeten yeni (2015) insan yollarına odaklanan bu konuyla ilgili derleme: İnsan hücresi sinyal yolu veri tabanlarının karşılaştırılması — evrim, sakıncalar ve zorluklar. Ancak orada hangisinin daha eksiksiz olduğunu bulamadım ...

#2
+4
agapow
2017-05-26 14:41:04 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Sizin için ana nokta, bir zenginleştirme analizinin size bilgilendirici bir yanıt verip vermeyeceği olacaktır. Belirli bir veritabanını daha iyi hale getirecek olan budur. Ve onların inşasında bir yolun ne olduğu, nelerin dahil edileceği, sınırların nereye çekileceği gibi konularda her türlü sübjektif kararlar vardır, bu nedenle farklı veritabanları farklı cevaplar verecek ve hangisinin daha doğru olduğu net olmayacaktır.

Bu nedenle, insanların verdiği referanslara / işaretlere göz atın, bir hizmet seçin ve onu kullanın, başkalarını kullanmayın. Beğendiğiniz bir cevap alana kadar veri tabanlarında atlamayın, bu sadece balık tutmaktır.

Son cümle için +1, demek o kadar kolay ki, biri "iyi" bir sonuç aldığında X ile kontrol edeceğim ve her ikisi de kabul ederse devam edeceğim.
#3
  0
Johannes Griss
2017-06-01 12:05:30 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Bence Reactome'un en büyük avantajlarından biri, web arayüzünü kullanarak görselleştirmesidir.

Birçok yol (Reactome ve KEGG'de), ilgili yol boyunca yukarı ve aşağı regüle edilen genlerden / proteinlerden oluşur. Basit bir aşırı temsil analizi yaparsanız, bu dikkate alınmaz. Bu nedenle, yalnızca aşağı düzenlenmiş genler daha sık gözlemlenmesine rağmen, bir yolu "aşırı ifade edilmiş" olarak görmeye başlayabilirsiniz.

Reactome'da, farklı yolları çok rahat bir şekilde yakınlaştırabilir ve sonra bunları alabilirsiniz. tutarsızlıklar. Bu farklı düzenlemeleri dikkate alabilecek herkese açık bir veritabanı ve araç bulamadım. Bu nedenle, muhtemelen verilerinizin bazı manuel incelemelerine her zaman ihtiyaç duyacaksınız. Bence bu, Reactome ile KEGG'den daha kolay.



Bu Soru-Cevap, otomatik olarak İngilizce dilinden çevrilmiştir.Orijinal içerik, dağıtıldığı cc by-sa 3.0 lisansı için teşekkür ettiğimiz stackexchange'ta mevcuttur.
Loading...