Soru:
WGS veya RNA-Seq verilerinden kimerik RNA'yı (füzyon genleri) hangi araçlar tespit edebilir?
L42
2017-05-31 15:05:01 UTC
view on stackexchange narkive permalink

WGS verileri veya RNA sekans verileri göz önüne alındığında, gen füzyonlarını tespit etmek için hangi araçları kullanabilirim?

Iki yanıtlar:
#1
+9
L42
2017-05-31 15:05:01 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Bunların çoğu RNA sekans verilerini kullanır, bazıları WGS verilerini kullanır ve bazıları her ikisini de kullanır. Alfabetik olarak listelenirler. Daha fazlasını keşfettiğimde listeye ekleyeceğim.

  1. Barnacle: http://bmcgenomics.biomedcentral.com/articles/10.1186/1471-2164-14-550
  2. Bellerophontes: http://bioinformatics.oxfordjournals.org/content/28/16/2114.long
  3. BreakDancer: http: //www.nature.com/nmeth/journal/v6/n9/abs/nmeth.1363.html
  4. BreakFusion: http: //www.ncbi.nlm.nih .gov / pmc / makaleler / PMC3389765 /
  5. BreakPointer: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3561864/
  6. ChimeraScan: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3187648/
  7. Yoldaş: http: / /bioinformatics.oxfordjournals.org/content/27/11/1481.long
  8. CRAC: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/ PMC4053775 /
  9. deFuse: http://journals.plos.org/ploscompbiol/article?id=10.1371/journal.pcbi.1001138
  10. Dissect: http://bioinformatics.oxfordjournals.org/content/28/12/i179.abstract
  11. EBARDenovo: http: //bioinformatics.oxfordjournals. org / conten t / early / 2013/03/01 / bioinformatics.btt092
  12. EricScript: http://bioinformatics.oxfordjournals.org/content/28/24/3232
  13. FusionAnalyser: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3439881/
  14. FusionCatcher: http: //biorxiv.org/content/early/2014/11/19/011650.full-text.pdf+html
  15. FusionFinder: http: //www.ncbi.nlm .nih.gov / pmc / makaleler / PMC3384600 /
  16. FusionHunter: http://bioinformatics.oxfordjournals.org/content/27/12/1708.long
  17. FusionMap: http://bioinformatics.oxfordjournals.org/content/27/14/1922
  18. FusionQ: http: // www .biomedcentral.com / 1471-2105 / 14/193
  19. FusionSeq: http://www.genomebiology.com/2010/11/10/R104
  20. IDP-füzyon: http://nar.oxfordjournals.org/content/early/2015/06/03/nar.gkv562.full
  21. iFUSE: http://bioinformatics.oxfordjournals.org/content/29/13/1700.long
  22. InFusion: https://bitbucket.org / kokonech / infusion / wiki / Ana Sayfa
  23. ENTEGRE: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/26556708
  24. JAFFA: http://www.genomemedicine.com/content/7/1/43
  25. LifeScope: http://www.thermofisher.com/ no / tr / home / yaşam-bilimi / sıralama / yeni nesil-sıralama / sağlam-gelecek-nesil-sıralama / sağlam-gelecek-nesil-sıralama-veri-analiz-çözümleri / yaşam-kobası-veri-analizi-sağlam-gelecek- nesil-dizileme / yaşam-kapsamı-genomik-analiz-yazılım-sağlam-gelecek-nesil-sıralama.html
  26. MapSplice: http://www.ncbi.nlm.nih.gov / pubmed / 20802226
  27. MOJO https://github.com/cband/MOJO
  28. nFuse: http: // www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3483554/
  29. Pegasus: http://www.biomedcentral.com/1752-0509/8/97
  30. PRADA: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/24695405
  31. ShortFuse: http: //www.ncbi.n lm.nih.gov/pmc/articles/PMC3072550/
  32. SnowShoes-FTD: http://nar.oxfordjournals.org/content/39/15/e100
  33. SOAPFuse: http://www.genomebiology.com/2013/14/2/R12
  34. SOAPFusion: http: // www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/24123671
  35. STAR: http://bioinformatics.oxfordjournals.org/content/29/1/15
  36. STAR-Fusion: https://github.com/STAR-Fusion/STAR-Fusion/wiki
  37. TopHat-Fusion: http : //www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3245612/
  38. TRUP: http://www.genomebiology.com/2015/16/1 / 7
  39. ViralFusionSeq: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3582262/

Diğer yararlı programlar:

Chimeraviz (gen füzyonları için görselleştirme araçları): https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/28525538 (sorumluluk reddi: Bunu ben oluşturdum)

Chimera: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4253834/
OncoFuse: http://bioinformatics.oxfordjournals.org/content/29/20/2539.long
FuMa: http://bioinformatics.oxfordjournals.org/content/early/2015/12/09/bioinformatics.btv721.abstract

#2
  0
glyph
2017-05-31 21:58:31 UTC
view on stackexchange narkive permalink

1- Chimerascan + Star

2- Tophat Fusion

Yoğun olarak kullandığım ve tavsiye ettiğim iki iş hattı. @ L42 tarafından listelenen diğerleri ile konuşamıyorum ama Star Fusion umut verici görünüyor. Yıldız hızlıdır.



Bu Soru-Cevap, otomatik olarak İngilizce dilinden çevrilmiştir.Orijinal içerik, dağıtıldığı cc by-sa 3.0 lisansı için teşekkür ettiğimiz stackexchange'ta mevcuttur.
Loading...