Soru:
Eksik bisülfit dönüşümünün haritalama verimliliği üzerindeki etkileri
DDRRpy
2017-05-24 11:41:10 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Bu soru Biyostarlar 'da da yayınlandı

İnsan örneklerinden türetilen çok katlı BS amplikon-sıra kitaplık havuzlarını bir MiSeq geçtiğimiz birkaç hafta içinde. Hizalama için trim-bolore ve Bismark kullanıyorum ve haritalama verimliliğinin iki havuz için gerçekten düşük olduğunu buluyorum (sırasıyla% 55 &% 30). fastqc dosyalarında okuyun.

Fastqc dosyalarında görülebilen yüksek C içeriği, zayıf eşleme verimliliğinin zayıf bisülfit dönüşümünden kaynaklandığını düşündürüyor, çünkü bunun sıfıra yakın olması bekleniyordu bisülfit dönüşümü gerçekten gerçekleşti.

Bu alanda yeniyim, bu nedenle her türlü yardım için büyük bir minnettarım.

Bisülfitle dönüştürülmüş okumaların haritalanmasının arkasındaki adımlara aşina olmak iyi olabilir. [Biostars] (https://www.biostars.org/p/107871/) hakkındaki bu yazıda, bir göz atmak istiyorsanız ilgili adımların hızlı bir dökümünü vereceğim (ancak elbette çok sayıda materyal var üstünde).
Bir cevap:
#1
+7
Devon Ryan
2017-05-24 11:46:37 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Bisülfit dönüşüm verimliliğinin bizmark ve benzeri araçlarda haritalama hızı üzerinde hiçbir etkisi yoktur. Bunun nedeni, haritalama önyargısını en aza indirmek için okumaların hizalamadan önce siliko olarak tamamen bisülfit dönüştürülmesidir.

Bowtie2'ye verilen ayarlarla oynamanızı öneririm. yerel hizalama ve daha fazla uyuşmazlığa izin vermek için --score-min seçeneğini değiştirme. Alternatif olarak, her zaman yerel uyum sağlayacak olan bwameth gibi farklı bir hizalayıcı deneyebilirsiniz.

Teşekkür ederim. Papyon2 belgesindeki yerel bayrak umut verici görünüyor, ofise girdiğimde buna bir şans vereceğim. Bismark, bowtie2 için herhangi bir bowtie2 seçeneği / bayrağı ayrıştıracak mı (--local, bisamark belgelerinde değil, yalnızca papyon2 belgelerinde mevcut mu)? Fastqc dosyalarındaki baz dizi başına yüksek sitozin hakkında ne sonuca varabilirim? Genelde bunun önceki analizlerde% 0 veya sonlarda% 10 olduğunu buldum, bu noktada uçları keserdim.
Bismark'ın "--local" bayrağını doğru şekilde işleyeceğini sanmıyorum, çünkü okumaların herhangi bir yumuşak kırpma olmaksızın tamamen hizalanmasını veya atılmasını beklemektedir.
Bismark'ı çalıştırdıktan sonra MBIAS grafikleri nispeten düz görünmüyorsa, bismark_methylation_extractor'a bir filtre parametresi geçirebilirsiniz, böylece örn. her okumanın son 10bp'sini göz ardı edersiniz.
@719016: Doğru olabilirsiniz, bismark koduna bakmayalı birkaç yıl oldu, çok yavaş olduğu ve kötü sonuçlar verdiği için genellikle kullanmaktan kaçınmaya çalışıyorum.
Devon Ryan'ın da önerdiği gibi, bwa-mem etrafında basit bir sarmalayıcı olan ve varsa yumuşak kırpılmış hizalamaları tutan bwameth'i denemek isteyebilirsiniz. Daha sonra bam'dan CpG'leri saymak için başka bir komut dosyası uygulayabilirsiniz, örn. bu: https://github.com/dariober/bioinformatics-cafe/tree/master/bam2methylation
Metilasyon ekstraksiyonu ve QC için genellikle [MethylDackel] 'i (https://github.com/dpryan79/MethylDackel) öneririm, ancak ben önyargılıyım: P


Bu Soru-Cevap, otomatik olarak İngilizce dilinden çevrilmiştir.Orijinal içerik, dağıtıldığı cc by-sa 3.0 lisansı için teşekkür ettiğimiz stackexchange'ta mevcuttur.
Loading...