Soru:
MinION dizilimini çevrimdışı yapmak mümkün mü?
Iakov Davydov
2017-05-31 11:22:09 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Oxford Nanopore'un orijinal planının ucuz sıralayıcılar (MinION) sağlamak olduğunu, ancak temel arama için ücret almak olduğunu belli belirsiz hatırlıyorum. Bu nedenle, temel arama bulutta gerçekleştirildi ve plan, teknoloji kurulduktan sonra ticari hale getirmekti.

Elbette bu, çok büyük olduğu için MinION'un sahadaki potansiyel kullanımlarını sınırlıyor alanlar iyi internet bağlantısına sahip değil. Ayrıca, klinik çalışmalarda tüm veriler yasal olarak üçüncü taraf bir şirkete aktarılamaz.

Örneğin Ebola makalesi için özel bir sürüm oluşturmaları gerekiyordu. yazılımları:

Oxford Nanopore Technologies tarafından özellikle proje için internet "ping" devre dışı bırakılmış ve çevrimiçi güncellemeler devre dışı bırakılmış MinKNOW'un çevrimdışı çalışabilen bir sürümü bize sağlandı

Bugün müsait olan birkaç üçüncü taraf baz arayan var. Nanocall ve DeepNano 'nun farkındayım, ancak resmi olmadıkları için sıralayıcıların ve hücrelerin en son sürümlerini takip etmeleri zor olabilir.

  1. Özel bir düzenleme olmadan (Ebola gibi) bugünden itibaren çevrimdışı sıralama mümkün mü?
  2. Değilse, Oxford Nanopore'un üçüncü taraf üssüne yönelik politikası nedir? arayanlar? Onlara yardım edecekler mi yoksa er ya da geç onları dava edecekler mi?
Iki yanıtlar:
#1
+8
gringer
2017-05-31 16:09:17 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Kısa yanıt: evet, ancak bunu yapmadan önce ONT'den izin (ve üzerinde değişiklik yapılmış yazılım) almanız gerekiyor.

... ama bu tüm hikayeyi anlatmıyor. Bu soru çok kafa karıştırıcı olma potansiyeline sahiptir ve bu soru soran kişinin hatası değildir. Sorun, MinION için, sıralamanın (veya daha spesifik olarak, bir elektrik sinyali izleme biçiminde ham verilerin üretilmesinin) temel aramadan farklı ve ayrılabilir olmasıdır. Diğer birçok sıralayıcı da farklı ham verilere ve temel arama aşamalarına sahiptir, ancak bunlar MinION'da oldukları ölçüde demokratikleştirilmezler.

MinION diziliminin "sıralama" kısmı ONT yazılımı tarafından gerçekleştirilir. , yani MinKNOW. Bana PoreCampAU 2017 sırasında açıklandığı gibi, MinION bir bilgisayara ilk olarak takıldığında, sıralamayı gerçekleştirmek için gerekli olan ürün yazılımı eksik. Bu aygıt yazılımının en son sürümü, genellikle bir sıralama çalıştırmasının başlangıcında ONT sunucularına bir istek gönderilerek indirilir. Her zamanki durumda, bu sunuculara erişmeden sıralama yapamazsınız ve ONT'nin bilgisi olmadan sıralama yapamazsınız. Ancak ONT, sıralama yaparken İnternet erişimine sahip olmayacak (örneğin, Afrika'da Ebola dizilimi veya okyanusun ortasında metagenomik sıralama) ve <[email protected]> nedenlerle yerel sıralama sorununa hızlı bir yazılım düzeltmesiyle sonuçlanabilir.

Ham sinyaller elde edildikten sonra, MinION sıralamanın "temel arama" kısmı her yerde yapılabilir. ONT tarafından sağlanan basecaller Albacore'dur ve bu, sıralama teknolojisi her değiştiğinde (ki bu çok olur) ilk model güncellemelerini alacaktır. Albacore, topluluk sayfalarına göz atarak ONT'den elde edilebilen yerel bir basecallerdir (MinION olan herkes tarafından kullanılabilir); ONT, AWS sunucularını kullanmanın çok pahalı olduğunu belirledikten sonra, yaklaşık Nisan 2017'de insanların yerel olarak temel arama yapmasına izin vermeye başladı. Albacore açık kaynak kodlu ve birada olduğu gibi ücretsizdir, ancak programın dağıtımını (ve değiştirilmesini) sınırlayan kısıtlayıcı bir lisans sözleşmesine sahiptir. Ancak, Albacore, mevcut tek basecaller değildir. ONT, nanonet adında bir FOSS basecaller sağlar. Teknoloji konusunda Albacore'un biraz gerisinde kalıyor, ancak ONT, tüm yararlı Albacore değişikliklerinin sonunda nanonet'e yayılacağını söyledi. Temel arama için bir sinir ağı kullanan, ONT olmayan başka bir basecaller var: deepnano. Her biri teknoloji açısından birbirinden farklı mesafelerde olan başka temel görevliler de var ve teknoloji kararlı hale geldikçe ve değişime daha dirençli bilgisayar bilimcileri harekete geçtikçe gelecekte daha fazlasının ortaya çıkacağını umuyorum.

Düzenleme: ONT temel arama yazılımındaki perdeyi geri çekti Şu ana kadar baktığım tüm depolar (Cliveome hariç) Mozilla Public License (ücretsiz ve açık kaynak, bazı koşullar ve sınırlamalarla) altında yayınlandı. Bu yazılım havuzuna, Albacore'un test / son teknoloji sürümü olan Scrappie dahildir.

#2
+5
H. Gourlé
2017-05-31 12:09:10 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Kısacası, evet çevrimdışı temel arama desteklenmektedir.

Oxford nanopore, albacore adı verilen resmi bir çevrimdışı temel arayıcıyı kullanıma sundu. Nanpore topluluk web sitesinde bir hesabınız varsa, onu buradan indirebilirsiniz.

Sahada çalıştırmayla ilgili olarak, canlı bazda aramayı en son kontrol ettiğimde hala çok fazla bilgi işlem gücü, bu nedenle MinION'u sahada çalıştırmak isteyebilirsiniz, ancak bir kez laboratuarınızı / bilgi işlem tesisinizi arayın.

Üçüncü taraf basecallers'ı dava etme planlarından haberdar değilim, I Oxford Nanopore'un onlar hakkında oldukça olumlu olduğunu düşünüyorum :-)

MinION'u sahada çalıştırmak ve laboratuvarda geri aramak, amacın tamamını (yani, bir kısmını) bozar: yani anında sonuç almak.
Bazı durumlarda doğrudur, ancak bazen örnekleri iyi kalitede DNA örnekleri olan bir laboratuvara geri dönmenin pratik olmadığı / imkansız olduğu uzak alanlarda / yerlerde sıralamak istersiniz (yani nakliye için kuru buza zor erişim). MinION, sahada sıralamayı ve ardından laboratuvarda tekrar analiz etmeyi mümkün kılar.DÜZEN: Ayrıca, küçük sıralama çalışması için muhtemelen iyi bir dizüstü bilgisayarla (8+ cpus) arama yapabilirsiniz.


Bu Soru-Cevap, otomatik olarak İngilizce dilinden çevrilmiştir.Orijinal içerik, dağıtıldığı cc by-sa 3.0 lisansı için teşekkür ettiğimiz stackexchange'ta mevcuttur.
Loading...