MinION tarafından SQK-LSK109 kitini ve FLO-MIN106 akış hücresini kullanarak komut satırı aracılığıyla üretilen arama verilerini temel almaya çalışıyorum. Albacore sürümüm en son sürümdür (v2.3.4). Aşağıdaki komut satırını kullanarak çalıştırmayı denedim (dizileme çalışmasının ve fast5s'nin adı farklı ve makine çıktısından varsayılan):
python3.6 /home/dkennetz/.local/bin /read_fast5_basecaller.py -i ./seqrun/fast5/ -t 1 -s ./good_reads/ -f FLO-MIN106 -k SQK-LSK109 -r -o fastq -t 1 sadece bu test içindir. Çalışıyor ve neredeyse anında 0 hata ile bitiyor, ancak hiçbir okuma çıktı vermiyor. Daha önce aynı komut satırını SQK-LSK108 kitini kullanarak çalıştırdım ve hiçbir sorun yaşamadım.
Daha sonra h5_validate aracını kullanarak fast5'leri doğrulamaya başladım:
python3.6 /home/dkennetz/.local/bin/h5_validate /home/dkennetz/.local/lib/python3.6/site-packages/h5_validator/schemas/single_read_fast5.yaml seqrun / fast5 / 0 / seqrun.fast5 -v Bunun çıktısı:
Matcher <'UniqueGlobalKey ', type = group match_type = exact count = {' minimum_count ': 1,' maximum_count ': 1} <HDF5 dosyası "seqrun.fast5" (mode r) >Error at /: Matcher <'PreviousReadInfo', type = group match_type = exact count = {'minimum_count': 1, 'maximum_count' ile eşleştikten sonra > tatmin olmadı 1} >, <HDF5 dosyası "seqrun.fast5" (mode r) > ile eşleştikten sonra tatmin olmadı Topluluk sayfasında bunun, başlıkta bazı ilgili meta eksikliğinden kaynaklanabileceğini okudum veri bilgisi? Bunun nasıl düzeltileceğiyle ilgili herhangi bir yardım çok takdir edilecektir!
Bu, ONT için topluluk sayfasında çapraz olarak yayınlanmıştır:
https: //community.nanoporetech. com / posts / albacore-basecalling-runni