Deffiz
2017-06-05 21:51:28 UTC
Örn. çizmek mümkün mü? EdgeR altında plotMDS işlevinden elde edilen sonuçlarda aynı gruptan numunelerin etrafında% 95 güven elipsleri Öyleyse nasıl?
% 95 güven neye karşılık gelir? MDS, doğrudan güven aralığı vermez.
Bu, güven aralıkları hakkında sık görüşlü veya bayesçi bir görüşe sahip olup olmadığınıza bağlıdır. (Bayesci bir yorumlamadan) 2B grafikteki güven elipslerinin belirli bir örneklem grubunda beklenen noktaların% 95'ini içermesini beklerdim.
@gringer Hmm. NGS'deki tipik bir deney düzeneği için, bir örnek grup <10 puan içerir. Genellikle <5. Dolayısıyla, buna dayalı olarak elipslerin yerleşimi hakkında * çok * belirsizlik vardır. ;-)
@KonradRudolph'nin söylediklerini kabul ediyorum. Grubunuzda <10 veya <5 varsa, bu durumda elips kriteri doğru bile olmayabilir veya ben buna inanmam. Her şeyden önce,% 95 elips yapmak için MDSplot'a da ihtiyaç duyulmayabilir. Bu bağlantı, kullanımı hakkında oldukça iyi açıklıyor. Bazen düşünüyorum da, ilk seçim için gerekli olmayabilecek bazı istatistiksel ölçüler için çok fazla tahmin veya fazla hesaplama yapıyoruz. Bunu yapmak istiyor musun? https://stats.stackexchange.com/questions/217374/real-meaning-of-confidence-ellipse.
Soru, bir MDS grafiğindeki pozisyonun, gruptaki her bir numunenin alındığı bir popülasyon için bir popülasyon parametresi olduğunu varsayar. Her örneğin, o grup için popülasyonun bir nokta tahmini olduğunu varsayar. Bu yoruma göre, bir güven elipsi geçerli bir şeydir. Bununla birlikte, MDS grafiğindeki konumun, bir MDS grafiğinin nasıl oluşturulduğuna bağlı olarak bir popülasyon parametresi olarak adlandırılabileceğinden emin değilim (özellikle her örneğin konumu diğerlerinin konumundan bağımsız değildir). Ama belki uygun bir parametre var mı?