Snakemake iş akışımda, derin araçlar bamCoverage (bir make_bigwig kuralında), ardından computeMatrix ve plotProfile code kullanıyorum > (farklı plot _ * _ profil kurallarında) çeşitli küçük RNA türleri için kapsama profilleri oluşturmak için. Bazen belirli bir küçük RNA kategorisinde çok az okuma olduğu görülür. Bu, bamCoverage 'den bir hatayla çıkılmasına neden olur (kapsama profillerinin boş bölgeleri hesaba katmamasını sağlamak için --skipNAs seçeneğini kullandığımda):

  Hatası: Oluşturulan bedGraphFile boştu. Lütfen deepTools ayarlarınızı yapın ve giriş dosyalarınızı kontrol edin.  

bamCoverage 'in başarısız olması işleri benim için biraz can sıkıcı hale getiriyor, çünkü başarısızlık ne kadar sonra olursa, iş akışımdaki şeyleri halledin: Hatayı yakalamam ve make_bigwig kuralında sahte bir çıktı dosyası oluşturmam ve ardından plot _ * _ profilindeki özel kukla dosyayı işlemem gerekecek kurallar.

Boş bir kapsam dosyasına sahip olsam iyi olur: okumaların olmaması (bam dosyasında veya bamCoverage içindeki seçim ölçütleriyle eşleşen) bir hatadan kaynaklanmıyor .

Biçim tanımına göre bu mümkün değil mi?

bamCoverage boş dosya yapmayı kabul ediyor musunuz?

Bu computeMatrix 'in başarısız olmasına neden olur mu?