samtools kopyaları işaretlemek ve kopyaları kaldırmak arasındaki fark nedir? Kopyaları samtools ile kaldırmadan önce kopyaları işaretlemek gerekli mi?
samtools rmdup ve samtools markdup -r aynı şeyi yapar. -r bayrağı olmadan samtools biçimlendirme yalnızca kopyaları işaretler.
samtools fixmate -m komutunu çalıştırmanız gerekir. ve dosyayı markdup..
Geçerli belgelere göre, rmdup artık kullanılmıyor. Lütfen rmdup kullanmayın.
TL; DR: sadece markdup kullanın.
rmdup BAM'den kopyaları kaldırırken biçimlendirme , Picard'ın MarkDuplicates i gibi, kopyaları kalıcı olarak kaldırmadan varsayılan olarak işaretler - ikincisi genellikle istenen davranıştır. Buna ek olarak, işaretleme , daha fazla köşe vakasıyla ilgilenen ve daha tutarlı sonuçlar veren daha iyi bir algoritma uygular.
Not: Vurgulamak için - samtools kullanmanın bir anlamı yok rmdup bugünlerde. @Kohlkopf'un dediği gibi eski ilan edildi.