arupgsh
2017-08-11 23:47:12 UTC
Biostar ve SeqAnswers'daki forum gönderilerinden bazılarını okuduktan sonra, hizalanmış dosyalardan yinelenen okumaları filtrelemeyi çok kafa karıştırıcı buluyorum. Anladığım kadarıyla, yüksek oranda ifade edilen genler ile yinelenen okumaları ayırt etmenin çok zor olduğunu ve filtreleme işlemi sırasında önemli bilgileri kaybedebiliriz.
Dolayısıyla, RNA kullanarak diferansiyel ifade analizindeki kopyaları çıkarmak gerçekten gerekli mi? -seq verileri?
Her şey sorunun ne kadar ciddi olduğuna bağlı. Genel olarak, yalnızca çok yüksek bir yüzdeyse bunları kaldırmalısınız.
% 35'ten fazla gibi belirli bir eşik var mı?
Ne yazık ki hayır. Sorun şu ki, onları kaldırarak gerçek kopyalanmış verileri kaldırabilirsiniz, böylece analizinize güç katabilirsiniz - ancak bunları kaldırmayarak PCR artefaktlarını sayabilir ve böylece yanlış pozitifliği artırabilirsiniz. Bu yüzden her iki seçeneğin de potansiyel bir önyargısı var Muhtemelen analizinizi hem kaldırarak hem de çıkarmadan yapmaya çalışırdım ve ardından daha güvenilir bulduğunuz bir yaklaşımla yalnızca tek bir yaklaşımla bulunan bazı sonuçları manuel olarak incelerim. Özellikle dikkat etmeniz gereken şey, kapsamın daha tekdüze olup olmadığı veya tek pozisyonlardan gelen çok sayıda okumadan etkilenmiş gibi görünüp görünmediğidir.