bedeabc
2017-08-03 14:29:04 UTC
MUMmer paketi, tüm sorgu dizileri için referans dizisi kapsamı istatistiklerini toplu olarak hesaplayabiliyor mu? nucmer / show-coords / show-tiling 'in çıktısını ayrıştırarak elde etmek mümkün olabilirdi, ancak daha iyi bir yol. Şu anda bunu hassas bir okuma eşleyicisi, samtools derinliği ve biraz komut dosyası kullanarak yapıyorum.
Açıklığa kavuşturmak için, tüm sorgu dizilerini kullanarak elde edilen referans kapsamını bilmek istiyorum ( yani benim durumumda de novo derlemesinin tamamı).
QUAST, verileriniz üzerinde çalışır mı? MUMmer'ı çalıştırır ve kapsamı bildirir.
İyi bir öneri @user172818. Ben araştıracağım.