Soru:
Havuzlanmış CRISPR ekranlarının veri analizleri için R paketleri
natasa
2017-06-05 21:36:55 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Bir CRISPR / Cas9 deneyi tasarlıyor ve aşağı akış veri analizlerini düşünüyoruz.

Bir hücre popülasyonunda gen ekspresyonunu bozmak için CRIPSR / Cas9 kullanarak havuzlanmış genetik ekranlardan ham NGS okuma sayısı verilerini analiz etmek için herhangi bir R paketi var mı? Sanırım temel bilgilerle başlamamız gerekecek, yani sıra işleme, veri keşfi, görselleştirme vb.

Bunun diğer ifade analizlerinden farkı nedir? Yani Neden diferansiyel ifade analizi için standart iş akışlarından birini kullanamıyorsunuz?
Düzenleme için CRISPR / Cas9 kullanmanın ve ifadeyi tahmin etmenin kendi başına harika bir fikir olmayabileceğini vurgulamak isterim. Gerçekten çok sayıda örneğiniz varsa, ilk olarak bu düzenlemenin getirdiği mutasyon yükünü kontrol etmek ilginizi çekebilir. Daha sonra tercihen ifade analizi ile devam edin. Ben de belirtildiği gibi aşağıdaki araçları kullanırdım, ancak düzenlememin çok fazla SNV atıp atmadığını düşünmeden hiçbir şey yapmayacağım. Eğer işe yaramazsa, doğrusal karma efektli aşağı akış analizi yaparken iyi olmalısınız.
Iki yanıtlar:
sssascha
2017-06-06 14:05:08 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Birçok yeri hedefleyen (örneğin GeCKO kitaplığını kullanarak) CRISPR ekranlarını kastettiğinizi varsayarsak, burada bir R paketi vardır.

Kılavuzu karşılaştırmak için doğrusal bir karma efekt modeli kullanır bir seçim adımından önce ve sonra sayarak çoklu kılavuzlara / genlere ve çoklu kopyalara izin verir. Ayrıca, AFAIK ilk okuma hizalamasını da yapabilir ve sorularınız olması durumunda yazar oldukça duyarlı olmalıdır.

Başka bir seçenek de python programı MAGeCK

plat
2017-06-07 13:28:15 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Deneyimlerime göre, R'de CRISPR havuzlanmış gösterimleri hakkında çok az şey var. Bunlardan biri ScreenBEAM. Analizde aynı adımda tüm kılavuzları bir arada dikkate alarak gen düzeyinde önemi belirlemek için doğrusal bir karışım modeli kullanır. Ancak benim için pek iyi çalışmıyor.

Bu taramaları R dışında analiz etmenin önerilen MAGeCK veya HiTSelect, BAGEL veya CRISPR-Analyzer gibi kullanımı kolay olan başka yolları da vardır.

CRISPR-Analyzer, yararlı olabilecek ve bahsedilen yöntemlerden bazılarını tek bir analizde özetleyen çevrimiçi bir araçtır. Bununla birlikte, komut satırından çalışmak istiyorsanız size gen esaslılık deneyleri için BAGEL'i ve diğer deneysel kurulumlar için (yani kontrol ve tedavi) MAGeCK'i öneririm

Tüm bağlantıları koyamadığım için üzgünüm ama sadece yapabilirim şu anda iki tane koyun!



ⓘ
Bu Soru-Cevap, otomatik olarak İngilizce dilinden çevrilmiştir.Orijinal içerik, dağıtıldığı cc by-sa 3.0 lisansı için teşekkür ettiğimiz stackexchange'ta mevcuttur.
Loading...